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Add container fixed2tab:0.1.0 - #4192

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BioContainers:masterfrom
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BioContainers:masterfrom
jnussbaum:fixed2tab-0.1.0

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@jnussbaum

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Packages:

  • fixed2tab=0.1.0 (conda-forge, noarch: python, no dependencies other than Python)

Base Image: quay.io/bioconda/base-glibc-busybox-bash:latest

For: a Galaxy tool wrapper for fixed2tab, which converts fixed-width text files to TSV. The wrapper will go to tools-iuc. This container lets the tool run on container-based Galaxy servers before planemo-monitor registers it.

The file uses the same format as the files that planemo container_register writes, for example combinations/tabicl:2.2.0-0.tsv.

@jnussbaum jnussbaum closed this Oct 1, 2026
@bgruening

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@jnussbaum wie kann ich helfen?

@jnussbaum

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@bgruening Danke für die Hilfe :-) Ich war mir nicht sicher, ob ich manuell einen PR hier machen muss, oder ob das via tools-iuc dann automatisch geschieht? Unser Plan ist es, user Tool https://github.com/dasch-swiss/rdu-fixed2tab via conda-forge (https://github.com/conda-forge/fixed2tab-feedstock) auf Galaxy zu bringen.

Der nächste Schritt wird sein, einen Wrapper zu machen und einen tools-iuc PR. Doch wenn ich es richtig verstanden haben, muss ich hier in diesem Repo gar nichts machen, oder?

@bgruening

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Member

Sobald der tools-iuc PR gemerged ist wird der container automatisch erstellt. Solltest du ihn vorher brauchen, kannst du gerne einen manuallen PR hier erstellen.

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